内蒙古草原站与中国科学院动物研究所、大气物理研究所、地理所、南京土壤所、北京大学、北京师范大学、中国农业大学、中国林业大学、南开大学、内蒙古大学、内蒙古农业大学、东北师范大学、沈阳农业大学、山东农业大学等国内十余个研究所或大专院校保持长期合作关系，共同申请和完成各种科研项目。每年到内蒙站进行研究工作的科研人员累计300余人，每年七、八月份，在站上进行研究的国内科研人员平均每天90多人，最多达到120人左右。
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